卫生应急指挥系统主要包括基础数据管理模块，决策支持、分析模块，综合查询模块。实现卫生管理部门、医疗机构、应急部门对突发公共卫生事件进行控制和管理的一套“数字化、智能化、可视化”的应用软件，该软件具备自动采集事件信息，进行事件的监测预警，实现事件触发启动、完成整个事件处置的功能。

       1、基础数据管理

 数据管理的内容包括：基础地理与自然环境背景数据库、全国社会信息数据库、全国公共卫生危险因素数据库、全国传染病疫情与人口死亡数据库、全国应急资源数据库、自然灾害数据库。

信息管理界面

 卫生部各下属单位获得灾情信息后，将所掌握的信息通过该系统进行上报，因该信息属于紧急信息，则不需要系统管理人员进行审核而直接进入中心服务器数据库，当灾情发生变化或被消除后，各单位对各自辖区内的灾情信息进行更新，使管理部门能及时了解灾情最新情况。

应急事件空间地理分析界面

预案、方案库是主要存储由各专业系统的模拟、评价和虚拟现实所产生的各种预案，供专业决策和综合会商决策调用。卫生部下属各单位可将自己管辖范围内的事故应急预案录入至中心服务器，以便于管理部门在事故发生时可根据现有预案进行事故处理决策。

预案应急指挥界面

        2、决策支持、分析

1）通过现有数据结合GIS空间分析功能辅助系统使用人员预测疫情的发生、分析疫情发展、做出处置决策。在疫情分析过程中，可通过GIS基于空间位置直观显示各种疫情分布情况。根据疫情的发展变化，疫情的发展分布图将随着数据的更新而实时不断变化，让系统使用人员能够清晰的把握疫情最新动态。

疫情分布分析界面

2）在一个应急事件中，通过一次或多次会商决策，通过快捷、实用、有效的会商方式进行方案研讨、判定事件性质、拟订处理措施，展现疫情信息、事件信息、综合信息等各类会商信息，同时支持声音、文字、数字、图形、图象的显示，把指挥中心应急形势迅速展现到会商现场。

应急会商界面

 3）通过分析事故各相关数据，建立灾种的分析模型，并比选相应的应急处置预案，提供疫情危害范围、灾害损失估算。进行综合分析，得出事故最佳处置方案，供决策部门参考。

决策分析界面

4）应急处置决策完成后，卫生部通过系统向各下属单位发布指令。系统将预制各类指令格式，为系统使用人员提供便利。

应急资源界面

       3、综合查询模块

采用B/S结构，用于在网络上将各类卫生信息进行发布，供具备相关权限的人员对其进行浏览、查询。